La visite du musée débute, au rez-de-chaussé, par une traversée de galeries lumineuses où l’on peut découvrir l’histoire du lieu et les différents événements qui lui sont liés. De nombreux plans de Paris et de l’abbaye du Val-de-Grâce accompagnent les panneaux explicatifs afin que le visiteur suive les modifications qui ont eu lieu autour du monument.
Elle se poursuit dans les anciennes cuisines des religieuses bénédictines consacrées à la collection du Docteur François Debat (cf. collections), présentant de nombreux objets de médecine (scies à amputation, trépans, coffrets de pharmacies et microscopes) qui datent pour la plupart du XVIIIe siècle, ainsi qu’un remarquable ensemble de mortiers. Par ailleurs sont exposées de belles faïences italiennes que le docteur collectionnait.
A l’étage l’histoire de la médecine militaire est présentée. On peut y voir une édition de la thèse d’Ambroise Paré, chirurgien du roi, et père de la chirurgie moderne. Il a notamment développé la technique de la ligature des veines et des artères au lieu de la cautérisation dans les cas d’amputation, technique qu’il a développée sur les champs de bataille au XVIe siècle.
Les premières salles sont consacrées aux uniformes réglementaires du personnel médical de l’armée. Puis toutes les missions du Service de santé sont exposées, notamment le ramassage et l’évacuation des blessés dans les zones de combat. Le matériel d’évacuation évolue en fonction de la nature du conflit et de l’époque, par exemple une selle de cheval aménagée avec deux brancards servait au XVIIe siècle, tandis que pendant la première guerre mondiale et dans les tranchés, les blessés étaient évacués avec des brouettes de fortune. La première guerre mondiale a entraîné un progrès médical, plus particulièrement chirurgical, car les premières chirurgies de reconstruction faciale (chirurgie maxillo-faciale) ont été faites pour des « Gueules-cassées ». Le musée présente quelques moulages de visage de soldats qui ont bénéficié d’une chirurgie réparatrice, les avants-après spectaculaires témoignent du progrès fait à cette époque.
De nombreuses vidéos et installations numériques émaillent le parcours de visite. Les panneaux explicatifs sont riches et la présentation des collections est très pédagogique. Cela permet au visiteur de mesurer toutes les dimensions de la médecine militaire, que ce soit les recherches en psychiatrie, la lutte contre les gaz toxiques ou encore la recherche en médecine aérospatiale.
La collection que l’on peut voir dans le musée a été notamment rassemblée par le Docteur François Debat (1882-1956). Elle est constituée de trois types d’objets : des instruments de médecine et de pharmacie, une collection unique de mortiers et des céramiques, parmi lesquelles un ensemble rare de faïences italiennes du XVI au XVIII siècle. Le dermatologue et pharmacien a réuni un ensemble de 103 mortiers depuis l’antiquité jusqu’à nos jours, qui montrent toute l’évolution des préparations médicinales et des instruments utilisés. La collection comporte aussi une trousse de chirurgie en plaques d’os gravées de bustes de reines (Allemagne, XVIe) et des clystères (seringues) en ivoire.
La collection a été donnée, en 1995, au musée du Service de santé des armées, par le Docteur Jacques Debat, fils de François Debat.
Les origines du musée du Service de santé des armées remontent au XIXe siècle. Restructuré à partir de 1990, il fut inauguré en partie en 1993 à l’occasion du bicentenaire de l’installation du Service de santé au Val-de-Grâce (salles d’exposition temporaire) et l’ouverture au public eut lieu au début de 1998 (salles d’exposition permanente). Il est abrité dans les bâtiments historiques de l’ancienne abbaye du Val de Grâce.
En 1638, à la naissance de son fils, le futur Louis XIV, Anne d’Autriche ordonna la construction de l’église du Val-de-Grâce en exécution d’un vœu qu’elle avait fait. Commencé par François Mansart, l’édifice fut achevé par Jacques Le Mercier, Pierre Le Muet et Gabriel Le Duc. En 1655, débuta la construction du couvent qui jouxte l’église et qui abrite aujourd’hui le musée.
En 1793, l’abbaye du Val-de-Grâce fut transformée en hôpital d’instruction militaire.
L’hôpital d’instruction des armées du Val-de-Grâce est fermé depuis juillet 2016.
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